Главная страница 2-го семестра

PSI-BLAST

 

Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt :

Параметры поиска:

  Кол-во E-value лучшей находки Название лучшей находки (ID ) % идентичности Длина выравнивания
Всего находок 117 5*10-82 LGB1_LUPLU 100 154
В бактериях (Bacteria) 36 10-6 HMP_RHIME 29 117
В Escherichia coli K-12 0 - - - -
В животных (Metazoa) 26 2*10-6 NGB_BRARE 25 141
В человеке 3 5.8 CRNL1_HUMAN 22 78

 
Не было найдено ни одного гомолога белка LGB1_LUPLU среди белков кишечной палочки
Cреди белков человека найдено всего 3 возможных гомолога

Итерационный поиск гомологов LGB1_LUPLU(P02239) в БД SwissProt с помощью программы PSI-BLAST :

Параметры поиска:

 

Номер итерации
Бактерии
Животные
Характеристика лучшей находки среди белков
Escherichia coli, K-12
Homo sapiens sapiens
Кол-во
Новые
Кол-во
Новые
Название
E-value
% идентичности
Длина выравнивания
Название
E-value
% идентичности
Длина выравнивания
1
 21 + 5 + - - - - CRNL1_HUMAN 5.8 28 78
2
 38 + 332 + HMP_ECO57 10-29 20 148 NGB_HUMAN 2*10-19 21 143
3 38 - 879 + HMP_ECO57 6*10-28 20 148 HBG2_HUMAN 8*10-45 18 150
4 38 - 883 + HMP_ECO57 2*10-22 20 143 HBE_HUMAN 5*10-54 17 154
5
 38 - 883 - HMP_ECO57 2*10-22 19 143 HBE_HUMAN 9*10-54 17 154

  1. Программу PSI-BLAST можно использовать для поиска далеких гомологов
  2. Первая итерация PSI-BLAST аналогична работе программы BLASTp ,т.к. необходимо использовать одну из  матриц аминокислотных замен, которые использует программа BLASTp.
  3. После 5 итераций были идентифицированы гомологи белка LGB1_LUPLU в каждом таксоне.
  4. При итерациях менялись e-value, параметры выравнивания лучшей находки, а иногда и сама находка.

©Почашев Станислав